宝宝扁桃体发炎引起咳嗽，可在医生的指导下使用以下药物：
1.抗生素类药物：如果是细菌感染引起的扁桃体发炎，可使用抗生素类药物，如青霉素、头孢菌素等。这类药物能有效抑制细菌生长，缓解炎症。
2.抗病毒类药物：如果是病毒感染引起的扁桃体发炎，可使用抗病毒类药物，如利巴韦林、阿昔洛韦等。这类药物能抑制病毒复制，减轻症状。
3.对症治疗药物：宝宝扁桃体发炎可能会引起咳嗽、咽痛等症状，可使用对症治疗药物，如止咳药、退烧药、镇痛药等。这些药物能缓解宝宝的不适症状，提高其舒适度。
需要注意的是，宝宝的身体比较娇嫩，用药需要谨慎。在给宝宝使用任何药物之前，都应该先咨询医生的意见，按照医生的建议使用药物。同时，还应该注意宝宝的饮食和休息，让宝宝多喝水，多吃蔬菜水果，保持充足的睡眠，有助于病情的恢复。