宝宝扁桃体发炎引起咳嗽，可能是由于细菌或病毒感染导致的，治疗时需根据具体病因选择合适的药物，以下是一些常用药物：
1.抗生素：如果是细菌感染引起的扁桃体发炎，医生可能会开抗生素来治疗，如阿莫西林、头孢克洛等。
2.抗病毒药物：如果是病毒感染引起的扁桃体发炎，通常不需要使用抗生素，医生可能会开一些抗病毒药物，如利巴韦林、阿昔洛韦等。
3.止咳药：如果咳嗽严重影响宝宝的睡眠和生活，可以使用止咳药，如氨溴索、右美沙芬等。
4.退烧药：如果宝宝体温超过38.5℃，可以使用退烧药，如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
需要注意的是，给宝宝使用药物时，一定要按照医生的建议来使用，不要自行增减药量或更换药物。同时，要注意宝宝的饮食和休息，多喝水，多吃蔬菜水果，避免吃辛辣、油腻、刺激性的食物，保持口腔清洁。如果宝宝的症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医。