脑干出血通常是由高血压合并细小动脉硬化引起的，约占全部脑出血的10%~15%。长期高血压会使脑内小动脉形成微动脉瘤，当血压剧烈波动时，微动脉瘤破裂就易导致脑干出血。
高血压因素
血压长期控制不佳： 当血压持续高于正常范围，如收缩压长期≥140mmHg和（或）舒张压≥90mmHg时，血管承受的压力增大，容易损伤血管内皮，促使动脉硬化的发展，进而增加脑干出血风险。据统计，有高血压病史且血压控制不理想的人群，脑干出血发生率比血压正常人群高很多倍。血压剧烈波动： 比如情绪激动、剧烈运动、用力排便等情况，会使血压在短时间内大幅升高，原本脆弱的脑内小动脉难以承受这种急剧的压力变化，就容易破裂出血，其中脑干是常见的出血部位之一。
血管病变因素
先天性血管畸形： 如脑内先天性的动静脉畸形，血管结构异常，管壁薄弱，更容易在某些诱因下发生破裂出血，累及脑干时就会引发脑干出血。这种情况在年轻人中相对多见，虽然发生率相对低，但一旦发生危害较大。淀粉样血管病： 多见于老年人，脑内小血管的淀粉样物质沉积，导致血管弹性下降、脆性增加，也容易破裂出血，累及脑干时可引起脑干出血。
其他因素
不良生活习惯： 长期大量吸烟，烟草中的尼古丁等成分会损伤血管内皮，加速血管硬化；过量饮酒会使血压升高，还会影响凝血功能，这些不良生活习惯都可能增加脑干出血的发生几率。例如，长期每天吸烟超过20支，饮酒量每天酒精含量超过50克（相当于50度白酒100毫升），脑干出血风险会明显升高。疾病影响： 像血液病，如白血病、再生障碍性贫血等，会影响凝血功能，导致凝血机制异常，容易出现出血倾向，包括脑干出血；还有一些脑部炎症性疾病，也可能累及血管，引发血管病变，增加脑干出血风险。