脑干出血通常是由高血压合并小动脉硬化引起的，约占全部脑出血的10% - 15%。
高血压因素
血压长期控制不佳： 长期高血压会使脑内小动脉发生玻璃样变、纤维素样坏死，甚至形成微动脉瘤。当血压骤然升高时，微动脉瘤就可能破裂出血。据统计，有高血压病史且血压控制不理想的人群，发生脑干出血的风险比血压正常人群高很多倍。血压波动过大： 比如原本血压控制相对稳定，突然情绪激动、过度劳累等导致血压急剧升高，也容易引发脑干出血。像一些人在剧烈争吵后，血压瞬间飙升，就可能诱发脑干出血。
血管病变因素
先天性血管畸形： 脑血管先天性发育异常，如脑动静脉畸形等，血管结构异常，容易在血压波动时破裂出血。这种情况在年轻人中相对多见，虽然整体发病率不高，但一旦发生脑干出血，后果往往比较严重。动脉瘤： 脑内动脉瘤也是导致脑干出血的原因之一。动脉瘤是动脉壁局部向外膨出形成的囊袋状结构，其壁较薄，当血压升高时，就容易破裂出血进入脑干。
其他因素
血液系统疾病： 某些血液系统疾病会影响凝血功能，增加出血风险。例如白血病、血小板减少性紫癜等。白血病患者由于骨髓造血功能异常，血小板数量减少或功能异常，凝血机制受到影响；血小板减少性紫癜患者体内血小板数量明显减少，都可能在血压波动时引发脑干出血。不良生活习惯： 长期大量吸烟会损伤血管内皮，使血管变得脆弱；过度饮酒也会使血压升高，加重血管负担。有研究表明，长期吸烟的人患脑干出血的几率比不吸烟的人要高不少，长期酗酒的人发生脑干出血的风险也显著增加。