耳后囊肿通常是由多种因素引起的。比如皮脂腺囊肿，多是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿，这种情况较为常见。
皮脂腺排泄受阻导致
毛囊皮脂腺导管堵塞： 耳后皮肤的毛囊皮脂腺导管如果被角质细胞等堵塞，就容易引发囊肿。例如，日常不注意耳后皮肤清洁，角质细胞等容易堆积，增加导管堵塞的风险。皮肤外伤影响： 耳后皮肤受到外伤后，伤口处的皮肤组织修复过程中可能影响皮脂腺导管的正常结构，进而导致皮脂腺排泄受阻形成囊肿。比如不小心擦伤耳后皮肤，就可能埋下隐患。
感染因素相关
细菌感染： 耳后皮肤如果受到细菌感染，炎症反应可能导致局部组织出现囊性改变。像金黄色葡萄球菌等细菌感染耳后皮肤，就可能引发炎症性囊肿。病毒感染： 某些病毒感染也可能与耳后囊肿的形成有关。例如，单纯疱疹病毒感染等，可能引起局部组织的异常增生，形成类似囊肿的表现。
先天性因素影响
先天性结构异常： 部分人可能存在先天性的耳后局部组织发育结构异常，从而容易出现囊肿样病变。这种先天性因素导致的耳后囊肿相对较少见，但确实存在。比如胚胎发育时期耳后组织发育出现偏差，就可能为囊肿的形成埋下伏笔。