肾结石形成的原因较多，主要与代谢异常、局部因素以及药物等有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易长结石。
代谢异常相关原因
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成结石。例如，正常饮食情况下，尿液中钙的排泄量如果长期高于正常范围，就可能增加肾结石形成风险。研究发现，尿钙排泄增多是含钙肾结石形成的重要因素之一。肠道疾病影响：一些肠道疾病会影响身体对钙的吸收，进而影响尿液中钙的代谢。比如回肠切除术后，肠道吸收钙的功能发生变化，使得尿液中钙含量升高，增加肾结石发生几率。
局部因素相关原因
尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块等会成为结石形成的核心，促使尿液中矿物质围绕这些核心沉积，形成结石。像变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，有利于磷酸镁铵及磷灰石结晶析出，从而形成结石。尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内滞留，使得尿液中晶体物质更容易沉积下来形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄，就会引起尿路梗阻，增加肾结石发生的可能性。
药物相关原因
某些药物：一些药物服用后可能会增加肾结石形成风险。例如氨苯蝶啶，长期服用可能导致结石形成；还有维生素D、维生素C等过量服用时，也可能影响尿液成分，增加肾结石发生几率。比如大剂量服用维生素C后，尿液中草酸排泄会明显增加，长期如此就容易诱发草酸钙结石。