肾结石形成主要与代谢异常、局部因素、药物等有关。正常情况下，人体尿液中一些物质达到饱和状态，就可能析出结晶形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等浓度过高，就容易形成结石。
代谢异常相关因素
尿液成分改变：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会增加肾结石形成风险，一些疾病如原发性甲状旁腺功能亢进会导致尿钙排出增加。尿量减少：如果每天饮水量不足，尿量就会减少，使得尿液中结石形成物质的浓度升高，增加肾结石形成几率。一般建议每天饮水量要达到2000 - 3000毫升以上，尿量保持在2000毫升左右较好。
局部因素相关情况
尿路感染：尿路感染会改变尿液的成分，还会使尿液酸碱度发生变化，并且细菌、脓块等还会作为结石的核心，促进肾结石的形成。比如变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉淀形成结石。尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液在局部积聚，造成晶体物质沉积，进而形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、尿路结石等都可能引起尿路梗阻。
药物相关因素
某些药物：一些药物服用后可能会增加肾结石形成风险。例如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等。磺胺类药物在尿液中溶解度较低，容易形成结晶，从而促进肾结石的形成；氨苯蝶啶代谢产物在尿液中浓度过高时也可能形成结石。