胆固醇偏低可能由多种原因引起。一般来说，一些疾病因素可能导致胆固醇偏低，比如甲状腺功能亢进症，患者体内甲状腺激素分泌过多，会影响脂质代谢，使得胆固醇水平降低，有研究显示约20% - 30%的甲状腺功能亢进患者会出现胆固醇偏低的情况；还有肝脏疾病，像肝硬化时，肝脏合成胆固醇的能力下降，也会造成胆固醇偏低。
饮食方面的原因
摄入不足： 如果日常饮食中长时间摄入胆固醇含量低的食物，比如长期只吃蔬菜水果，很少吃肉类、蛋类等富含胆固醇的食物，就可能导致胆固醇偏低。正常成年人每天从饮食中获取一定量的胆固醇来维持身体正常代谢，长期摄入不足就会使体内胆固醇水平下降。吸收不良： 患有胃肠道疾病时，会影响胆固醇的吸收。例如慢性胰腺炎患者，胰腺分泌的胰酶减少，而胰酶对脂肪的消化吸收至关重要，胆固醇是脂质的一种，也会随之吸收不良，进而导致胆固醇偏低。
疾病之外的其他因素
过度运动： 长时间、高强度的运动可能会影响体内脂质代谢，导致胆固醇消耗增加。比如一些专业运动员，长期进行大运动量训练，身体消耗的胆固醇较多，如果饮食补充不及时，就容易出现胆固醇偏低的情况。年龄因素： 老年人胆固醇偏低的情况相对较多见。随着年龄增长，身体的代谢功能逐渐衰退，肝脏合成胆固醇的能力下降，同时身体对胆固醇的利用也会发生变化，所以老年人更易出现胆固醇偏低的状况。