胆固醇低可能由多种原因引起，比如某些疾病因素，像甲状腺功能亢进症，患者体内甲状腺激素分泌过多，会加快机体代谢，使得胆固醇分解加速，从而导致胆固醇水平降低，这类患者可能还伴有多汗、心慌等症状；恶性肿瘤也是一个因素，肿瘤细胞生长繁殖过程中会消耗大量营养物质，包括胆固醇，一些患有肺癌、胃癌等恶性肿瘤的患者可能出现胆固醇低的情况。
饮食因素导致
营养不良：长期节食、挑食或者饮食中缺乏胆固醇及相关营养物质的摄入，就容易造成胆固醇低。比如一些减肥人群，过度控制饮食，只吃很少量的食物，而且食物种类单一，像只吃蔬菜、水果，很少吃肉类、蛋类等富含胆固醇的食物，时间久了就可能使体内胆固醇水平降低。特殊饮食结构：一些人偏好素食，几乎不吃含胆固醇的食物，如动物脑、内脏等，长期保持这样的饮食结构也会导致胆固醇摄入不足，进而引起胆固醇低。
肝脏疾病影响
肝脏合成功能障碍：肝脏是合成胆固醇的主要场所，如果患有严重的肝脏疾病，比如肝硬化，肝脏的正常结构和功能受到破坏，会影响胆固醇的合成，导致胆固醇生成减少，从而使血液中胆固醇水平降低。另外，肝炎患者如果病情较重，也可能影响肝脏合成胆固醇的能力。胆道梗阻：胆道梗阻会影响胆汁的排出，而胆汁对于胆固醇的消化、吸收和转运有重要作用。当胆道梗阻时，胆固醇的代谢会出现紊乱，进而可能导致胆固醇低。例如胆道结石引起的胆道梗阻，就可能使胆固醇的相关代谢受到影响。