治牙周炎常用的药物主要有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，抗生素类药物如阿莫西林等可以用于控制牙周炎的炎症，硝基咪唑类药物如甲硝唑等也常被应用。
抗生素类药物
阿莫西林：属于青霉素类抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用，可帮助减轻牙周炎引起的牙龈炎症等。但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类：比如头孢氨苄等，通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌，对牙周炎的常见致病菌有一定抑制作用。不过使用前需确认患者没有头孢菌素类药物过敏史。
硝基咪唑类药物
甲硝唑：对厌氧菌有较好的抗菌活性，能有效杀灭引起牙周炎的厌氧菌，缓解牙周组织的炎症。孕妇及哺乳期妇女禁用，且用药期间不能饮酒。替硝唑：抗菌谱与甲硝唑相似，抗菌作用更强，不良反应相对较少，但同样孕妇及哺乳期妇女要慎用。
局部用药
碘甘油：局部涂抹碘甘油可以起到消炎、收敛的作用，直接作用于牙周袋部位，减轻炎症和疼痛。使用时要注意避免接触眼睛等黏膜部位。米诺环素凝胶：将其注入牙周袋内，能持续释放药物，抑制细菌生长，缓解牙周炎症状。对米诺环素过敏者禁用。
辅助用药
布洛芬：如果牙周炎导致明显疼痛，可以短期服用布洛芬来缓解疼痛症状。但有消化道溃疡病史者要慎用，且不能长期大量服用。氯己定含漱液：日常含漱氯己定含漱液能抑制口腔内细菌生长，辅助治疗牙周炎，一般每次含漱10 - 20毫升，含漱1分钟左右。但长期使用可能会导致牙齿和舌苔染色，停药后可逐渐消退。