根尖囊肿的治疗通常如下：
一、如果是因牙齿感染导致的根尖囊肿，一般进行完善的根管治疗，清除根管内感染，就可被机体慢慢清除，因为根管系统十分复杂，所以对于根管治疗无法控制的囊肿，则需要通过根尖手术来治疗。
二、根尖手术具体如下：
1.术前准备：手术前需做CBCT检查，CBCT是牙科专用的小CT，可三维立体定位囊肿具体位置和深度。
2.局部麻醉：手术一般采用局部麻醉，在门诊手术室就能完成。
3.手术过程：首先在牙槽侧壁离囊肿最近位置切开去骨，暴露出囊肿部位后，切除根尖约3mm根尖组织，将囊肿一起摘除并清理干净，再用生物材料封闭根尖部的根管。若囊肿造成的空腔非常大，还需用生物膜覆盖骨的窗口，然后进行黏膜的切口缝合。
三、特别提示：手术结束后，医生会给患者加压包扎和冷敷以防止术后肿胀，1周后可复查拆线，再按医生要求定期复查。
总结概况提示：根尖囊肿治疗方法主要有根管治疗和根尖手术，手术前要做好检查准备，过程包括麻醉、切开去骨、切除根尖组织和摘除囊肿等操作，术后要注意加压包扎和冷敷等护理，且要按时复查。