自然流产没流干净，应及时就医，医生一般会根据残留物的大小、位置等因素，采取以下治疗措施。
1.药物治疗：如果残留物较小，医生可能会建议使用促进子宫收缩的药物，如益母草、新生化颗粒等，帮助残留物排出。同时，还可能会使用抗生素，预防感染。
2.清宫手术：如果残留物较大，或药物治疗效果不佳，医生可能会建议进行清宫手术，即通过手术清除宫腔内的残留物。清宫手术一般在麻醉下进行，是一种较为安全的操作。
3.其他治疗：如果自然流产没流干净的同时，伴有大量出血、腹痛等症状，医生可能会采取止血、止痛等治疗措施。
此外，自然流产没流干净的患者在治疗期间，还需要注意以下事项。
1.注意休息：术后应卧床休息2~3天，之后可逐渐增加活动时间，但要避免过度劳累。
2.加强营养：术后应多吃富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，如鸡肉、鱼肉、蛋类、蔬菜、水果等，有助于身体恢复。
3.保持外阴清洁：术后要注意保持外阴清洁，每天用温水清洗外阴，勤换卫生巾。
4.禁止性生活：术后一个月内要禁止性生活，以免引起感染。
5.注意观察：术后要注意观察阴道出血情况、腹痛情况等，如果出现异常，应及时就医。
6.定期复查：术后要按照医生的要求定期复查，了解子宫恢复情况。
需要注意的是，自然流产没流干净的治疗方法因人而异，具体治疗方案应根据个人情况而定。患者应在医生的指导下进行治疗，并严格遵守注意事项。如果对治疗有任何疑问，应及时与医生沟通。