自然流产没流干净，可根据残留组织的大小、位置、患者的症状等因素，采取以下措施。
1.等待观察：如果残留组织较小，且没有明显的症状，医生可能会建议等待观察，因为有些残留组织可能会随着下次月经一起排出。在等待观察期间，患者需要注意休息，避免过度劳累和性生活。
2.药物治疗：如果残留组织较小，但有明显的症状，如出血、腹痛等，医生可能会建议使用药物治疗，促进残留组织排出。常用的药物有宫缩剂、抗生素等。
3.清宫手术：如果残留组织较大，或药物治疗无效，医生可能会建议进行清宫手术，清除残留组织。清宫手术是一种较为常见的妇科手术，一般在麻醉下进行，通过刮宫的方式将残留组织清除。
需要注意的是，自然流产后，患者需要注意休息，避免过度劳累和性生活，同时要注意个人卫生，保持外阴清洁。如果出现发热、腹痛、出血等异常情况，应及时就医。此外，如果患者有生育需求，建议在自然流产后3个月到6个月再进行备孕，以利于子宫的恢复。