舌下腺囊肿主要治疗方法是手术切除，一般通过手术完整摘除舌下腺可根治，手术时间通常较短，约30~60分钟。
手术治疗方式
口内切开引流术：适用于情况紧急，囊肿较大影响呼吸等的患者，可先切开囊肿，排出囊液缓解症状，但单纯引流易复发，一般需后续切除舌下腺。舌下腺切除术：这是根治舌下腺囊肿的主要手术方式。通过口腔内切口，完整切除舌下腺，同时将囊肿内容物清理干净。手术要注意避免损伤周围组织，如颌下腺导管等结构。
非手术治疗情况
婴幼儿特殊情况：对于年龄较小的婴幼儿，若囊肿较小且无明显症状，可暂时观察，因为部分婴幼儿舌下腺囊肿有自行消退的可能，但需密切随访，观察囊肿变化情况。不能耐受手术者：当患者存在严重心肺疾病等不能耐受手术时，可考虑其他保守处理，但保守处理复发几率较高，需谨慎选择。
术后注意事项
口腔护理：术后要保持口腔清洁，每天可用淡盐水漱口，一般建议饭后及睡前各漱口一次，减少口腔细菌感染的机会，促进伤口愈合。饮食注意：术后短期内饮食要清淡，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，以免刺激伤口。可进食软食，如米粥、面条等，一般术后1~2周可逐渐恢复正常饮食，但仍要注意避免过度刺激口腔组织。伤口观察：要注意观察手术伤口情况，若出现伤口红肿、疼痛加剧、发热等异常情况，应及时就医复诊，排查是否有感染等并发症发生。