舌下腺囊肿治疗主要以手术切除为主，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，复发率较低。手术通常在局部麻醉下进行，对于儿童等不配合手术的患者，可先做简单的切开引流，缓解症状，但这只是暂时的，后续还需进行舌下腺切除。
手术治疗方式
单纯囊肿摘除术：
原理：直接将舌下腺囊肿摘除。这种方法相对简单，但有一定复发风险，因为如果舌下腺没有完全切除干净，残留的舌下腺可能会再次产生分泌物形成囊肿。适用情况：适用于囊肿较小，且患者身体状况能耐受手术的情况。
舌下腺切除术：
原理：将舌下腺一并切除，从根源上解决问题。因为舌下腺是产生囊肿分泌物的来源，切除舌下腺后，囊肿就不会再复发。优势：复发率低，是根治舌下腺囊肿的常用方法。一般来说，手术时间在30 - 60分钟左右，术后需要注意口腔卫生，预防感染。注意事项：术后要避免食用辛辣、刺激性食物，保持口腔清洁，按照医生要求按时换药等。
切开引流术
临时缓解症状：
操作：当患者囊肿较大，出现明显肿胀疼痛，影响进食、说话等情况时，可先进行切开引流，用手术刀片将囊肿切开，放出囊液，缓解局部的肿胀和疼痛症状。局限性：这只是一种临时的处理方法，因为没有切除舌下腺，很快囊肿会再次充满囊液，还需要后续进行舌下腺切除手术。术后护理：切开引流后要注意保持口腔清洁，防止伤口感染，一般在引流后1 - 2周内要安排后续的舌下腺切除手术。
其他辅助治疗及注意事项
术后护理方面：
口腔清洁：术后患者要注意保持口腔清洁，每天可用生理盐水或复方氯己定含漱液漱口，每天3 - 4次，每次含漱1 - 2分钟，以减少口腔内细菌滋生，预防伤口感染。饮食注意：术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣、过热的食物，比如术后1周内可以吃粥、面条、鸡蛋羹等软烂易消化的食物，这样可以避免食物刺激手术部位，影响伤口愈合。
复发及后续观察：
复发情况：虽然舌下腺切除术复发率低，但也有少数患者可能出现复发，复发后可能需要再次评估病情，考虑再次手术等治疗方式。术后要定期复诊，一般术后1个月、3个月、6个月要到医院复查，通过口腔检查、B超等检查手段观察术区恢复情况以及有无复发迹象。