甲状腺功能性亢进可能引发多种并发症，其中心血管系统并发症较为常见，约有5% - 10%的甲亢患者会出现心房颤动等心律失常问题。
心血管系统并发症
心脏扩大： 长期甲亢未得到有效控制，可能导致心脏扩大，严重时会影响心脏功能。患者可能会出现活动后气短等表现。心力衰竭： 甲亢引起的心脏负荷增加等因素可能诱发心力衰竭，尤其是老年患者，发生心力衰竭的风险相对更高。
骨骼系统并发症
骨质疏松： 甲亢会使骨代谢加快，导致骨量丢失，增加骨质疏松的发生几率。女性患者相对更易受到影响，绝经后的女性在甲亢情况下骨质疏松风险进一步升高。近端肌病： 部分甲亢患者会出现近端肌肉无力、萎缩等情况，表现为上下楼梯困难、蹲起费力等，影响日常活动。
眼部并发症
浸润性突眼： 约5%的甲亢患者会出现浸润性突眼，患者眼球突出，可能伴有眼部异物感、胀痛、畏光、流泪等症状，严重时可导致视力下降。非浸润性突眼： 较为常见，约占甲亢突眼的80%，主要表现为眼裂增宽、瞬目减少等，一般病情相对较轻，但也会影响外观。
其他并发症
甲亢危象： 这是甲亢严重的并发症，多发生于未积极治疗或治疗不充分的患者。诱因常为感染、手术、创伤等，患者会出现高热（体温可达39℃以上）、大汗、心动过速（心率常在140次/分以上）、烦躁不安、谵妄甚至昏迷等表现，死亡率较高。肝脏损害： 甲亢可能引起肝脏损害，出现转氨酶升高、黄疸等情况，不过在甲亢得到控制后，肝脏功能大多可恢复。