甲状腺功能亢进如果没有得到良好控制，可能会引发多种并发症。其中，约5% - 15%的Graves病患者会出现甲状腺危象，这是一种严重且危及生命的并发症，常表现为高热、大汗、心动过速等。
心血管系统并发症
心脏扩大： 长期甲状腺功能亢进会使心脏负担加重，约有5% - 10%的患者可能出现心脏扩大的情况。这是因为甲状腺激素过多会影响心肌代谢，导致心肌肥厚、扩大。心律失常： 最常见的是心房颤动，在甲状腺功能亢进患者中，心房颤动的发生率约为15% - 20%。甲状腺激素过多会作用于心脏传导系统，干扰心脏的正常节律。
骨骼系统并发症
骨质疏松： 甲状腺功能亢进会加速骨的吸收和代谢，导致骨量丢失。研究发现，约30% - 50%的成年甲状腺功能亢进患者存在不同程度的骨质疏松，尤其是绝经后的女性患者更容易发生。近端肌病： 约有10% - 20%的甲状腺功能亢进患者会出现近端肌病，表现为肌肉无力，尤其是肢体近端肌肉，像上下楼梯、抬手等动作会变得困难。
眼部并发症
单纯性突眼： 约有25% - 50%的甲状腺功能亢进患者会出现单纯性突眼，主要表现为眼裂增宽、眼球轻度突出等，一般病情相对较轻。浸润性突眼： 约5%的甲状腺功能亢进患者会发展为浸润性突眼，病情较为严重，可出现眼球明显突出、眼部异物感、视力下降等症状，严重时可能会影响视力，甚至导致失明。
其他并发症
甲状腺毒症性肝病： 约有5% - 10%的甲状腺功能亢进患者会出现甲状腺毒症性肝病，表现为转氨酶升高、黄疸等。这是由于甲状腺激素过多影响肝脏的代谢和功能。妊娠期并发症： 孕妇如果患有甲状腺功能亢进且未控制好，可能会增加早产、流产、胎儿生长受限等风险，约有2% - 3%的妊娠合并甲状腺功能亢进患者会出现这些不良妊娠结局。