长期规范服用短效避孕药一般对身体危害较小，但少数人可能出现一些情况。通常来说，短效避孕药正确使用时，其副作用发生率较低。
对月经的影响
经期规律方面：多数女性服用短效避孕药后月经会更规律，经期可能缩短1~2天，经量也可能有所减少，一般属于正常的药物作用表现。不规则出血情况：少部分人在服药初期可能出现少量不规则阴道出血，通常坚持服药2~3个月后会逐渐缓解。
对代谢的影响
体重变化：有的女性服用短效避孕药后体重可能会有轻微增加，幅度一般在1~2公斤左右，这可能与药物中雌激素引起水钠潴留有关，但也有部分人体重无明显变化。血脂影响：长期服用短效避孕药可能会使少数人的血脂略有升高，不过一般在正常波动范围内，停药后多可恢复。
对健康的潜在影响
血栓风险：虽然短效避孕药导致血栓的几率较低，但对于有吸烟习惯（每天吸烟超过15支）、年龄大于35岁的女性，血栓风险会相对增加。对肿瘤的影响：有研究显示，长期服用短效避孕药还可能对某些肿瘤有一定保护作用，比如能降低卵巢癌、子宫内膜癌的发病风险，但同时也可能对宫颈上皮内瘤变有一定影响，不过总体而言利大于弊。