长期规范服用短效避孕药一般对身体影响不大，但需注意个体差异。有研究显示，正确使用短效避孕药的女性，在规范用药情况下，不良反应发生率相对较低。
对激素水平的影响
对雌激素的影响：短效避孕药中的雌激素成分能调节体内雌激素水平，使其维持在相对稳定状态，一般不会导致雌激素水平过度波动。正常女性体内雌激素有自身波动规律，短效避孕药通过外源补充来模拟正常生理周期，让雌激素水平处于合理范围。对孕激素的影响：短效避孕药里的孕激素能抑制排卵等生理过程，它会使体内孕激素水平升高，这种升高是在可控范围内的，不会对身体造成严重的激素紊乱问题。
对妇科疾病的影响
降低盆腔炎风险：有研究表明，长期服用短效避孕药可以使女性患盆腔炎的风险降低约50%。因为短效避孕药能改变宫颈黏液性状，让其变得黏稠，不利于细菌上行感染，从而降低了盆腔炎的发生几率。降低子宫内膜癌风险：长期服用短效避孕药还能降低子宫内膜癌的发病风险。它可以抑制子宫内膜过度增生，使子宫内膜癌的发病风险降低20% - 50%左右。
对代谢的影响
对血脂的影响：部分短效避孕药可能会对血脂有一定影响，少数女性服用后可能会出现甘油三酯轻度升高，但一般幅度较小，通常不会造成严重的血脂异常问题。大多数女性的血脂水平仍在正常波动范围内。对体重的影响：有些女性服用短效避孕药后可能会有体重变化，不过个体差异较大。有的女性可能体重基本不变，有的可能会有轻微增加，一般增加幅度在1 - 2公斤左右，这主要与个人的代谢差异以及是否合理控制饮食等因素有关。
对其他方面的影响
对痤疮的改善：对于有痤疮问题的女性，长期服用短效避孕药可能会有改善作用。大约有30% - 50%的女性服用短效避孕药后，痤疮情况会得到不同程度的缓解，这是因为短效避孕药能调节体内激素平衡，减少皮脂腺分泌油脂，从而改善痤疮状况。对骨密度的影响：有研究发现，长期服用短效避孕药在一定程度上对骨密度影响较小，甚至可能有维持骨密度的作用，不会导致骨密度明显降低，不过具体情况也因人而异，仍需要定期关注骨密度情况。