跑步时肩膀疼可能由以下原因导致：
一、肩膀过度疲劳：在跑步过程中，肩膀需持续发力以进行前后摆臂运动。如果跑步时间过长，会使肩部肌肉过度劳累，进而引发肩膀疼痛现象。
1.长时间的摆臂运动会让肩部肌肉承受较大压力。
2.过度疲劳后，肩部肌肉可能出现酸胀、疼痛等不适。
二、肩部肌肉拉伤：若在跑步前未充分拉伸全身肌肉，且跑步时速度过快，当上臂前后摆动用力过猛时，就可能拉伤肩部肌肉或韧带，从而导致肩膀疼。
1.未拉伸使得肌肉和韧带未做好准备。
2.快速跑步和过大的摆臂力量容易造成损伤。
三、肩周炎：患者若本身患有肩周炎，存在肩关节疼痛、粘连、活动受限等情况，那么在跑步摆动上臂时会加剧疼痛。
1.肩周炎会有特定的症状表现。
2.跑步动作会加重原有病症的疼痛程度。
总之，若偶尔出现这种情况，下次跑步前应注意做好热身训练，控制跑步时间；若是身体某些疾病所致，则需查明病因，并在医生指导下进行相应治疗。