头皮毛囊炎通常可以使用抗生素类药物来治疗，比如外用的莫匹罗星软膏，一般连续使用几天到一周左右可能会有效果；内服的抗生素如头孢类抗生素等也可应用。
外用药物选择
莫匹罗星软膏：这是一种局部外用的抗生素，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能有效抑制引起头皮毛囊炎的细菌生长。直接涂抹在头皮毛囊炎的患处，一天涂抹几次，坚持使用能缓解炎症。夫西地酸乳膏：同样是外用抗生素，对引起皮肤感染的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌作用。涂抹在头皮毛囊炎部位，可减轻红肿、疼痛等症状。
内服药物情况
头孢类抗生素：如果头皮毛囊炎比较严重，可能需要口服头孢类抗生素，如头孢拉定等。但使用这类药物前需要确认没有过敏史，它能从内部抑制细菌感染，帮助消除头皮的炎症。不过要注意，不能自行随意使用，需要在医生指导下根据病情来决定是否使用以及使用的疗程。大环内酯类抗生素：像红霉素等属于大环内酯类抗生素，也可用于治疗头皮毛囊炎。它对多种细菌有抑制作用，口服后能通过血液循环到达头皮部位，发挥抗菌消炎的作用。但使用时也需遵循医生的建议，注意可能出现的一些不良反应。
特殊人群用药注意
儿童头皮毛囊炎用药：儿童头皮出现毛囊炎时，外用药物相对更安全。比如外用的莫匹罗星软膏，儿童可以使用，但要注意涂抹的量和方法。内服药物需格外谨慎，一般不轻易使用口服抗生素，若必须使用，要在医生严格评估后，选择合适的小剂量药物，并密切观察儿童用药后的反应。孕妇头皮毛囊炎用药：孕妇头皮患有毛囊炎时，外用药物的选择要更加慎重。一般优先选择相对安全的外用抗生素软膏，如夫西地酸乳膏等。内服药物则要非常谨慎，因为很多口服药物可能会对胎儿产生影响，只有在病情十分严重，经过医生权衡利弊，认为获益大于可能的风险时，才会考虑使用一些相对安全的内服抗生素，但必须严格遵医嘱。