毛囊炎的治疗药物需根据病情来选择，一般来说，细菌感染引起的毛囊炎可选用抗生素类药物，真菌感染引起的则要用抗真菌药物。比如，对于细菌感染导致的轻中度毛囊炎，常用的有莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，起到杀菌作用。而对于真菌感染引起的毛囊炎，像酮康唑乳膏就比较适用，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌功效。
细菌感染性毛囊炎用药
局部外用抗生素： 对于症状较轻的细菌感染性毛囊炎，可外用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌活性，能有效抑制细菌生长。还有夫西地酸乳膏，也能针对引起毛囊炎的常见细菌发挥作用，帮助减轻炎症。系统应用抗生素： 如果毛囊炎比较严重，皮损广泛，就可能需要系统应用抗生素。比如口服头孢类抗生素，像头孢呋辛酯，它能通过抑制细菌细胞壁的合成来杀灭细菌，但使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。
真菌感染性毛囊炎用药
局部抗真菌药物： 对于马拉色菌等真菌感染引起的毛囊炎，可外用酮康唑乳膏，它能抑制真菌的繁殖。还有联苯苄唑乳膏，也具有抗真菌的作用，能缓解真菌感染导致的毛囊炎症状。系统抗真菌药物： 如果局部用药效果不佳，或者病情较为严重，可能需要系统使用抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊。不过伊曲康唑对肝脏有一定影响，用药前需要评估肝功能情况，并且要在医生的严格指导下使用。
特殊人群毛囊炎用药注意
儿童患者： 儿童出现毛囊炎时，用药要格外谨慎。如果是细菌感染，外用药物可选择比较温和的红霉素软膏，但要避免大面积长期使用。如果是真菌感染，儿童用药需咨询医生，根据具体情况选择合适的抗真菌药物，且要注意药物的浓度和使用剂量。孕妇患者： 孕妇得了毛囊炎，用药更要小心。细菌感染时，尽量选择对胎儿影响小的外用抗生素，如外用的碘伏溶液，它可以消毒杀菌，相对比较安全。真菌感染时，也要在医生的指导下选择对胎儿无不良影响的抗真菌药物。