头皮毛囊炎通常可以使用抗生素类药物来治疗，一般来说外用抗生素软膏较为常见，比如莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，对轻度的头皮毛囊炎有一定效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 属于局部外用抗生素，能针对引起毛囊炎的葡萄球菌等起到杀菌作用，直接涂抹在头皮患处即可，使用方便。夫西地酸乳膏： 对引起头皮毛囊炎的常见细菌有良好的抗菌活性，可抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌功效。
口服抗生素情况
轻度感染时： 一般先以外用药物为主，如果头皮毛囊炎比较轻，单独使用外用抗生素可能就够了。但如果感染比较严重，比如范围较大、伴有发热等全身症状时，可能会用到口服抗生素。例如头孢类抗生素，不过具体是否需要口服以及用哪种，得由医生根据病情判断。注意事项： 口服抗生素不能自行随意使用，必须在医生诊断后，确定是细菌感染导致的头皮毛囊炎且有用药指征时才会使用，因为滥用抗生素可能会导致耐药等问题。
特殊人群需谨慎
儿童头皮毛囊炎： 儿童头皮长毛囊炎时，用药更要小心。外用药物相对更安全，比如莫匹罗星软膏，儿童可以使用，但使用前最好先咨询医生。如果需要口服抗生素，必须严格遵循医生的剂量等要求，因为儿童的肝肾功能等还在发育中，药物代谢与成人不同。孕妇头皮毛囊炎： 孕妇出现头皮毛囊炎时，外用药物相对更稳妥。像夫西地酸乳膏，孕妇可以在医生评估后谨慎使用。口服抗生素一般要非常慎重，因为有些抗生素可能会对胎儿产生影响，必须由医生权衡利弊后决定是否使用及选择合适的药物。