细菌性结膜炎主要通过局部用药治疗，常用的有抗生素类眼药水。一般来说，使用合适的抗生素眼药水后，大多数患者在1~2周内可改善症状。
局部用药选择
抗生素眼药水： 常用的有氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用。还有妥布霉素滴眼液，对引起细菌性结膜炎的常见病菌有较好的抗菌活性。抗生素眼膏： 比如红霉素眼膏，在夜间睡眠时使用，能在眼部保持较长时间的药物浓度，持续发挥抗菌作用。
日常护理要点
保持眼部清洁： 可以用生理盐水冲洗结膜囊，每天可冲洗1~2次，能清除眼部分泌物，减轻炎症反应。但冲洗时要注意动作轻柔，避免损伤眼部。避免交叉感染： 患者使用的毛巾、手帕等物品要单独存放，并且定期进行煮沸消毒，一般煮沸10分钟左右即可达到消毒效果。同时，患者不要用手揉眼睛，防止病菌进一步传播。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童患细菌性结膜炎时，选择眼药水要谨慎。比如婴幼儿使用眼药水时，要避免直接滴在角膜上，可轻轻拉低下眼睑，将药水滴入结膜囊内。而且要在医生指导下选择适合儿童的低浓度抗生素眼药水。孕妇患者： 孕妇患细菌性结膜炎，用药需格外小心。一些抗生素可能会对胎儿产生影响，所以孕妇要在医生评估后，选择相对安全的局部抗生素药物，如在确保安全的情况下使用头孢类抗生素相关的眼药水，但必须严格遵循医嘱。