肚子有时痛有时不痛可能由多种原因引起，比如胃肠道功能紊乱，这种情况在人群中较为常见，约有10% - 20%的人会出现不同程度的胃肠道功能紊乱相关的腹部不适。
饮食因素导致
进食过快： 如果吃饭时狼吞虎咽，大量空气随食物进入胃肠道，就可能引起肚子有时痛有时不痛。比如有些人一顿饭很快吃完，之后不久就会感觉腹部不适。食用刺激性食物： 经常吃辛辣、油腻、生冷的食物也可能导致这种情况。像吃了大量辣椒后，胃肠道受到刺激，可能出现阵发性的腹痛，有时痛有时不痛。例如吃了冰镇西瓜后，胃肠道受到寒冷刺激，容易引发腹部不适。
胃肠道疾病引起
慢性胃炎： 患有慢性胃炎的人，胃黏膜处于受损状态，会出现上腹部隐痛、胀痛等情况，而且疼痛没有固定的规律，有时痛有时不痛。一般通过胃镜检查可以发现胃黏膜的病变情况。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，患者会出现腹痛、腹胀，疼痛部位不定，排便后疼痛可能会缓解，而且症状会时轻时重，有时痛有时不痛。这种疾病与精神因素、肠道感染等多种因素有关。
腹部着凉导致
当腹部受到寒冷刺激时，胃肠道的平滑肌会发生痉挛，从而引起肚子有时痛有时不痛。比如夜间睡眠时腹部没有盖好被子，受到寒凉侵袭，就可能出现这种情况。特别是在季节交替时，腹部着凉的情况更容易发生。