慢性结肠炎的治疗药物需根据病情选择，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，抑制炎症反应，一般需长期服用维持治疗。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有口服制剂和灌肠剂等剂型。口服美沙拉嗪适用于轻中度慢性结肠炎，能缓解腹痛、腹泻等症状；灌肠剂则针对病变局限在直肠乙状结肠的患者，直接作用于病变部位，减轻局部炎症。
糖皮质激素
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度慢性结肠炎患者，可短期使用泼尼松。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，如骨质疏松、血糖升高等，所以需在医生严格监测下使用。氢化可的松：病情严重时可能会静脉使用氢化可的松，起到快速抗炎的作用，不过也需密切关注用药后的不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来控制病情，但起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，而且使用过程中要定期监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于慢性结肠炎的治疗，同样要注意药物的副作用及定期随访。