慢性肠炎的用药需根据具体病情来定，常用的药物有益生菌类、抗生素类等。一般来说，对于肠道菌群失调引起的慢性肠炎，可使用益生菌调节；而细菌感染导致的慢性肠炎可能需要抗生素。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒：它能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，可用于因肠道菌群紊乱引起的慢性肠炎，适合各年龄段人群（但婴儿使用需遵医嘱），一般通过补充有益菌来改善肠道功能。双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌等多种有益菌，能在肠道内定植，抑制有害菌生长，对慢性肠炎有一定的调节作用，帮助恢复肠道正常的消化和吸收功能。
抗生素类药物
诺氟沙星胶囊：如果是细菌感染引发的慢性肠炎，诺氟沙星属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。不过，18岁以下人群禁止使用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。阿莫西林胶囊：属于青霉素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌。对于敏感菌引起的慢性肠炎有一定疗效，但使用前需做青霉素皮试，有青霉素过敏史者禁用。
止泻类药物
蒙脱石散：它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，起到止泻作用。适用于各种原因引起的腹泻，包括慢性肠炎导致的腹泻，儿童和成人都能使用，服用时需注意用适量温水冲服。盐酸洛哌丁胺胶囊：能抑制肠道平滑肌的收缩，减少肠蠕动，从而达到止泻效果。但对于感染性腹泻，不能单独使用来止泻，需配合抗感染治疗，且老年人使用时要注意观察肠道情况。
调节肠道功能类药物
复方谷氨酰胺肠溶胶囊：含有谷氨酰胺等成分，能改善肠道黏膜屏障功能，促进肠道吸收功能及机体免疫功能恢复，对慢性肠炎引起的肠道功能紊乱有调节作用，可帮助修复受损的肠道黏膜。马来酸曲美布汀片：能调节胃肠道运动节律，对肠道运动功能有双向调节作用，既可以抑制亢进的肠道运动，也能增强虚弱的肠道运动，用于慢性肠炎导致的肠道运动功能失调等情况。