冠脉CTA检查相对比较安全，发生严重危险的概率较低，大约在0.1%~0.5%左右。但仍有一些需要注意的方面。
对比剂相关风险
对比剂过敏风险： 部分人可能对冠脉CTA检查中使用的对比剂过敏，轻者可能出现皮疹、瘙痒、恶心等症状，重者可能发生过敏性休克，不过发生过敏反应的概率较低，大约在1%以下。对比剂肾损伤风险： 对于肾功能不全的患者，使用对比剂后可能增加对比剂肾病的发生风险，但现在通过合理的水化等预处理措施，可以降低这种风险。一般在检查前后充分饮水，能帮助对比剂排出，减少对肾脏的影响。
辐射相关风险
辐射剂量情况： 冠脉CTA检查会涉及一定剂量的辐射，一次冠脉CTA检查的辐射剂量大约在5~15mSv左右，不过这个剂量相对来说在安全范围内，每年人体接受的天然辐射剂量大约是2.4mSv，所以单次冠脉CTA检查的辐射剂量不会对身体造成明显损害，但孕妇需要严格避免进行该检查，因为辐射可能对胎儿有潜在影响。
检查过程中的风险
检查时的不适： 在进行冠脉CTA检查时，可能会因为静脉注射对比剂时感觉发热、胀痛等不适，但这种不适一般在检查结束后会很快缓解。对患者配合度的要求： 患者需要保持平稳呼吸，若不能很好配合，可能会影响图像质量，导致检查需要重复进行，但这不属于严重危险，只是会影响检查的顺利进行。
患者自身基础疾病的影响
冠心病患者： 本身有冠心病的患者在进行冠脉CTA检查时，一般风险可控，但要确保在检查过程中生命体征平稳，有情况能及时处理。心律失常患者： 严重心律失常的患者可能在检查中因心率过快或过慢影响图像质量，不过医生会根据具体情况评估是否适合进行检查。