检查冠状动脉CTA一般风险较低，不过也存在一定潜在风险。其辐射剂量大约相当于普通胸部X线的100倍左右，但总体来说发生严重不良反应的概率较低，大概在0.1%~0.5%左右。
对比剂相关风险
对比剂过敏风险： 部分人可能对冠状动脉CTA检查中使用的对比剂过敏，轻度过敏可能出现皮疹、瘙痒等症状，重度过敏可能引发过敏性休克，不过发生概率较低，约为0.01%~0.1%。对比剂肾病风险： 对于本身有肾功能不全的人群，使用对比剂后可能增加对比剂肾病的发生风险，一般在原有肾功能不全基础上，使用对比剂后约有5%~10%的人可能出现轻度的肾功能短暂性下降，但通过充分水化等预处理可降低风险。
辐射相关风险
长期影响考量： 虽然单次冠状动脉CTA检查的辐射剂量相对可控，但从长期辐射累积角度看，频繁接受此类检查可能会增加患癌的潜在风险，不过单次检查的辐射致癌风险非常低，大约每接受一次冠状动脉CTA检查，患癌的额外风险约为百万分之几。儿童及备孕人群注意： 儿童对辐射更为敏感，备孕女性在检查后也需考虑辐射对生殖细胞的潜在影响，不过对于临床需要的检查，会权衡利弊后进行。
检查过程相关风险
造影剂注射相关： 在注射造影剂过程中，可能会有短暂的发热、恶心等不适感觉，一般很快会缓解，发生概率约为5%左右。检查中不适： 检查时需要患者保持不动，对于一些不配合或者身体状况较差的患者，可能无法顺利完成检查，需要重新安排，这种情况约占3%~5%。而且对于有严重心率失常、心功能衰竭等严重心脏疾病的患者，在检查过程中可能会诱发病情加重，但这类患者一般也不会轻易进行冠状动脉CTA检查，会先经过医生评估。