指甲上有凹陷小坑可能由以下原因导致：一是低氧血症，二是银屑病，三是真菌感染。
一、低氧血症：当机体出现缺氧情况时，会使动脉氧分压下降，进而导致末梢组织循环缺氧。这种缺氧状态会对指甲产生影响，容易致使指甲凹陷。同时，高强度的体力劳动也可能对指甲造成损害，引发指甲凹陷现象。
二、银屑病：一旦患上银屑病，指甲往往会出现不良的反应，有时就会容易引起指甲上出现凹陷小坑的情况。
三、真菌感染：在受到真菌感染后，指甲会遭到真菌的侵害，也容易引起指甲变形，包括出现凹陷小坑。
通常需要尽快前往医院的皮肤科就诊，然后依据诊断结果实施具有针对性的治疗方案，这样可以缓解指甲上有凹陷小坑的状况。同时，还应该注重自身卫生，避免食用刺激性食物，以免对指甲造成不良影响。
总结：指甲出现凹陷小坑可能是低氧血症、银屑病或真菌感染引起，应及时就医诊断并针对性治疗，还要注意个人卫生和饮食。