手足口病和疱疹性咽峡炎是存在一定关联的两种疾病，均为肠道病毒感染为主的传染病，主要病原体是肠道病毒EV71型和柯萨奇病毒A组16型，且都多见于小儿。其主要表现均有口腔疱疹，不过手足口病除口腔疱疹外，还常伴有手足或臀部的皮疹。此外，两种疾病都可能出现发热、烦躁不安、流涎拒食等情况。手足口病可能以疱疹性咽峡炎为首发症状，而疱疹性咽峡炎若进一步发展，手足部也会出现疱疹或皮疹，此时则已变为手足口病。可见两者有一定关联，但又不完全相同，存在一定区别，需依据具体症状和体征来加以区分。
一、两者的关联
1.都是肠道病毒感染为主的传染病，常见病原体相同。
2.主要表现都包含口腔疱疹。
3.都可能有发热等相似症状。
二、两者的区别
1.手足口病有手足或臀部皮疹，而疱疹性咽峡炎没有。
2.手足口病可能由疱疹性咽峡炎发展而来。
总之，手足口病和疱疹性咽峡炎既有联系又有区别，在实际诊断中要仔细辨别，以便准确诊断和治疗。