尿路感染主要是细菌等病原体入侵尿路引起的。比如，大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占尿路感染致病菌的80%左右。
病原体入侵途径
上行感染： 这是最主要的途径，细菌从尿道口逆行向上进入尿道、膀胱、输尿管甚至肾脏。比如女性尿道短而直，长度约3 - 5厘米，相比男性更易发生上行感染，尤其是性生活后，细菌容易被挤入尿道引发感染。血行感染： 少见但也可能发生，身体其他部位的感染灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达尿路引起感染。例如，金黄色葡萄球菌败血症时，细菌可随血液到达肾脏引发感染。
易感人群特点
女性： 女性尿道短、宽且直，距离肛门近，肛门周围的细菌容易侵入尿道。据统计，成年女性一生中至少发生一次尿路感染的概率约为50%。而且在月经期、性生活后等特殊时期，女性尿路感染的风险会增加。泌尿系统结构异常者： 像先天性尿路畸形，如肾盂输尿管连接处狭窄等，会导致尿液引流不畅，细菌容易在局部繁殖引发感染。还有膀胱输尿管反流的患者，尿液会从膀胱反流回输尿管甚至肾盂，使细菌容易停留滋生。免疫力低下者： 比如糖尿病患者，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且糖尿病患者免疫力相对较低，容易发生尿路感染。另外，长期使用免疫抑制剂的人，如器官移植后服用免疫抑制剂的患者，身体抵抗力差，也容易被病原体侵袭引发尿路感染。
局部因素影响
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生等情况会引起尿路梗阻，尿液排出受阻，尿液在尿路中停留，细菌就容易大量繁殖导致感染。比如尿路结石患者，结石堵塞输尿管，尿液积聚，很容易引发肾盂肾炎等尿路感染。膀胱输尿管反流： 前面提到过，尿液从膀胱反流回输尿管，甚至肾盂，使得尿路中的细菌难以被有效冲刷排出，从而增加感染风险。儿童时期膀胱输尿管反流较为常见，随着年龄增长部分可自愈，但也有部分会持续存在导致反复尿路感染。