肛乳头瘤常见的症状有肛门不适，早期肛乳头瘤较小，一般无明显症状，当瘤体增大时，患者可感觉肛门内有异物感，尤其是在排便时可能会更明显，有时能自行脱出肛门外，不过小的瘤体脱出后可自行缩回。另外，排便不尽感也是常见症状之一，部分患者会感觉排便后直肠内仍有粪便未排净的感觉。还有些患者会出现肛门瘙痒，这是因为瘤体脱出时可能会刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物增多，进而引起瘙痒。
脱出表现
小瘤体脱出： 部分患者在排便时，较小的肛乳头瘤可能会脱出肛门外，但一般能自行缩回。比如一些早期发现的肛乳头瘤患者，排便后瘤体脱出，不用特殊处理就能自己回去。大瘤体脱出： 随着瘤体逐渐增大，脱出的瘤体可能不能自行缩回，需要用手推回或者卧床休息后才能回去。如果瘤体长时间脱出，还可能会出现水肿、疼痛等情况。
排便相关症状
排便不尽感持续时间： 有的患者这种排便不尽感会持续较长时间，可能几天甚至几周都有这种感觉。比如一些病情稍重的患者，总是觉得直肠内有东西没排干净，影响日常生活和排便习惯。排便时的影响： 在排便过程中，肛乳头瘤可能会干扰排便，导致排便不畅，感觉排便费力，需要更用力才能排出粪便。
局部刺激症状
分泌物情况： 肛乳头瘤刺激肛门周围的黏膜，会导致分泌物增多，有的患者分泌物会比较稀薄，有的可能相对黏稠。分泌物增多后就容易刺激肛门皮肤，引起瘙痒。瘙痒程度差异： 瘙痒的程度因人而异，有的患者只是轻微瘙痒，不影响生活；而有的患者瘙痒比较严重，会忍不住去搔抓肛门周围皮肤，可能会导致皮肤破损等情况。