肠易激综合征的治疗药物需根据症状来选，一般可从调节胃肠动力、缓解腹痛、改善肠道菌群等方面用药。比如常用的有匹维溴铵可调节胃肠动力；曲美布汀能改善胃肠运动功能紊乱；对于腹痛明显的患者，可使用东莨菪碱等抗胆碱能药物，但这类药物可能有口干、视物模糊等副作用。
调节胃肠动力类药物
匹维溴铵： 它是一种对胃肠道具有高度选择性的钙拮抗药，可抑制钙离子流入肠道平滑肌细胞，从而发挥调节胃肠动力的作用，能缓解肠易激综合征患者的腹痛、腹胀等症状。曲美布汀： 能作用于胃肠道平滑肌细胞上的肾上腺素能、胆碱能受体及5-羟色胺受体，调节胃肠运动节律，改善胃肠运动功能紊乱，对肠易激综合征引起的腹痛、腹泻或便秘等症状有一定改善作用。
缓解腹痛类药物
东莨菪碱： 属于抗胆碱能药物，可阻断M胆碱受体，松弛胃肠道平滑肌，减轻肠道痉挛引起的腹痛，但该药物可能会引起口干、视物模糊、心悸等不良反应，青光眼、前列腺增生患者禁用。山莨菪碱： 也有类似作用，能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解腹痛，但同样可能导致口干、面红、视物模糊等副作用，脑出血急性期及青光眼患者忌用。
改善肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠易激综合征患者的肠道功能，有助于缓解腹泻、腹胀等症状。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中的活菌可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌的生长，调整肠道菌群，改善肠道消化吸收功能，对肠易激综合征引起的肠道功能紊乱有一定的调节作用。