小孩发烧39度，不咳嗽，不流鼻涕，可能由以下原因引起：
1.幼儿急疹：这是一种婴幼儿常见的发疹性传染病，可能会突然高热，体温在数小时内可上升至39℃-40℃，一般发热持续3-5天后，体温骤降，同时可出现玫瑰红色的斑丘疹，皮疹通常先发生于面颈部及躯干，然后蔓延至四肢近端。
2.上呼吸道感染：上呼吸道感染可出现发热，体温可达39℃-40℃，但患儿可能不咳嗽、不流鼻涕。
3.其他：如川崎病、幼年类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等疾病也可出现发热，体温可达39℃-40℃，但不咳嗽、不流鼻涕。
如果小孩发烧39度，不咳嗽，不流鼻涕，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。