毛囊炎的克星药物有多种，一般局部外用的抗生素类药物较为常用。比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌活性，能有效抑制引起毛囊炎的常见细菌。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等导致的毛囊炎。它能阻碍细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。一般直接涂抹在患处，一天使用2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌也有良好的抗菌效果，尤其对耐药金黄色葡萄球菌也有效。用法是局部涂于患处，每日2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。使用时均匀涂抹在患处，一日1 - 2次。特比萘芬乳膏： 同样针对真菌性毛囊炎，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，起到杀菌和抑菌的作用。外用，一日1次，涂抹于患处。
中药类外用制剂
如意金黄散： 由多种中药组成，有清热解毒、消肿止痛的功效。可以用醋或植物油调敷后涂抹在毛囊炎患处，能减轻红肿热痛等症状。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，具有消肿、防腐及促进吸收的作用。适用于初期毛囊炎，涂抹后能促使炎症局限、软化，促进脓肿形成。不过，使用药物治疗毛囊炎时要注意，如果毛囊炎症状严重，出现大面积感染、发热等全身症状时，可能还需要结合口服药物治疗，而且不同情况用药会有差异，一定要在医生的指导下合理用药。同时，用药期间要保持皮肤清洁，避免搔抓患处，以防感染加重。