毛囊炎的治疗药物有多种，常用的外用药物如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，一般局部涂抹能起到消炎杀菌的效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，通过抑制细菌蛋白质合成发挥杀菌作用，局部涂抹即可，能有效减轻毛囊炎症。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，可涂抹在患处，帮助消除炎症，缓解红肿疼痛等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是由真菌感染引起的毛囊炎，酮康唑乳膏能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，起到抗真菌作用。一般每天涂抹1 - 2次，坚持使用能改善真菌性毛囊炎的状况。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌性毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的合成，从而发挥抗真菌功效，涂抹后能减轻瘙痒、红肿等症状。
中药类外用制剂
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的作用，用醋或蜂蜜调成糊状后涂抹在毛囊炎患处，能帮助减轻局部的红肿热痛。龙珠软膏： 有清热解毒、消肿止痛、去腐生肌的功效，对于毛囊炎出现红肿、疼痛、化脓等情况有一定的缓解作用，可直接涂抹在患处。在使用这些药物治疗毛囊炎时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，以防感染加重。如果毛囊炎症状严重，如出现大面积感染、发热等情况，应及时就医，可能需要配合口服药物等其他治疗方法。同时，不同类型的毛囊炎用药有所不同，需要明确病因后在医生指导下合理用药。