肌肉萎缩的原因有多种。一般来说，神经源性因素是常见原因之一，像运动神经元病，它会逐渐破坏支配肌肉的神经，导致肌肉无法得到正常神经信号刺激，进而慢慢萎缩，这种疾病好发于40 - 60岁的中老年人。
神经源性因素
疾病影响： 运动神经元病会使负责控制肌肉运动的神经元受损，随着病情发展，肌肉会逐步萎缩。还有脊髓空洞症，它会破坏脊髓内的神经结构，影响神经对肌肉的支配，从而引发肌肉萎缩。外伤所致： 严重的脊柱外伤，比如脊柱骨折、脱位等，可能会损伤脊髓或神经根，导致其所支配的肌肉失去神经传导，进而发生萎缩。
肌源性因素
遗传疾病： 一些遗传性的肌肉疾病会直接影响肌肉本身的结构和功能，像杜氏肌营养不良症，这是一种X连锁隐性遗传疾病，多见于男性儿童，患儿肌肉会进行性萎缩无力，通常在3 - 5岁时就会出现症状。药物影响： 某些药物长期使用可能会导致肌源性萎缩，比如长期使用糖皮质激素，可能会引起肌肉蛋白分解增加，合成减少，慢慢出现肌肉萎缩。
废用性因素
长期制动： 当肢体由于骨折等原因需要长时间固定时，肌肉得不到有效的运动刺激，就会发生废用性萎缩。例如骨折后打石膏固定3个月以上，未固定的肢体肌肉可能会出现明显萎缩。缺乏运动： 长期卧床的人，由于身体活动量极少，肌肉没有足够的收缩刺激，也会导致肌肉萎缩，尤其是老年人长期卧床后更容易出现这种情况。