特发性血小板减少性紫癜的发病机制目前尚未完全明确，一般认为可能与自身免疫功能紊乱有关。大约有60% - 70%的特发性血小板减少性紫癜患者体内存在抗血小板抗体，这些抗体作用于血小板，导致血小板被破坏增多。另外，脾脏是破坏血小板的主要场所，患者体内的抗血小板抗体可使血小板在脾脏内被大量吞噬和破坏。
自身免疫因素相关
抗体产生机制： 人体免疫系统出现异常时，可能会错误地产生针对自身血小板的抗体。例如，某些病毒感染后，可能会使机体的免疫识别出现偏差，导致产生攻击自身血小板的抗体。这些抗体与血小板结合后，会标记血小板为“异物”，进而被体内的免疫细胞清除。抗体作用部位： 这些抗血小板抗体主要与血小板膜上的抗原结合，使得血小板在血管内循环时容易被单核 - 巨噬细胞系统（主要是脾脏）识别并吞噬破坏，从而导致外周血中血小板数量减少。
脾脏作用相关
脾脏的破坏功能： 脾脏是人体重要的免疫器官之一，同时也是血小板破坏的重要场所。在特发性血小板减少性紫癜患者体内，由于存在抗血小板抗体，血小板与抗体结合后，其性状发生改变，更容易被脾脏内的巨噬细胞捕捉和吞噬。正常情况下，脾脏每天大约会清除体内10% - 20%的衰老血小板，而在特发性血小板减少性紫癜患者中，大量被抗体标记的血小板会在脾脏内被过度破坏，导致血小板数量明显低于正常水平。脾脏调节机制影响： 一些研究发现，脾脏中的某些细胞因子等环境因素也可能参与了血小板的破坏过程。例如，脾脏内的炎症因子可能会促进巨噬细胞对血小板的吞噬作用，进一步加重血小板减少的情况。
遗传因素相关
遗传易感性： 有研究表明，特发性血小板减少性紫癜可能具有一定的遗传易感性。某些基因的突变或多态性可能会增加个体患特发性血小板减少性紫癜的风险。例如，一些与免疫调节相关的基因，如果发生突变，可能会影响机体正常的免疫功能，使得自身免疫反应更容易发生，从而引发特发性血小板减少性紫癜。不过，目前发现的与特发性血小板减少性紫癜相关的遗传因素还不是完全明确，需要进一步深入研究。家族聚集性： 在一些家族中，可能会出现多个成员患有特发性血小板减少性紫癜的情况，这也从一定程度上提示了遗传因素在该病发病中可能起到的作用。但遗传因素并不是唯一的致病因素，环境等其他因素也会对疾病的发生发展产生影响。