自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究发现多种因素可能与之相关。目前认为遗传因素是自闭症重要的发病原因之一，有研究显示，自闭症儿童的一级亲属中患自闭症的风险比普通人群高约20倍左右。
遗传因素影响
基因变异作用： 大量研究表明，多个基因的变异与自闭症的发生有关。例如一些涉及神经发育、突触功能等方面的基因发生突变或变异，可能会增加患自闭症的概率。家族遗传倾向： 如果家族中有自闭症患者，那么其他家庭成员患自闭症的可能性会明显高于正常家庭。比如父母一方患有自闭症，子女患病风险约在5% - 10%左右。
孕期环境因素
母体感染影响： 孕妇在孕期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响胎儿神经系统的发育，从而增加孩子患自闭症的风险。有研究发现，孕期感染过相关病毒的孕妇，其生育的孩子患自闭症的几率比未感染的孕妇高2 - 3倍。孕期用药情况： 孕妇在孕期不合理用药也可能对胎儿产生不良影响。一些药物可能会干扰胎儿神经细胞的正常分化和发育，进而与自闭症的发生相关。
新生儿出生时因素
早产与低出生体重： 早产儿（胎龄小于37周）和低出生体重儿（出生体重小于2500克）患自闭症的风险高于足月儿和正常出生体重儿。有数据显示，早产儿患自闭症的概率是足月儿的2 - 3倍，低出生体重儿患自闭症的风险也比正常出生体重儿高约1.5倍。新生儿窒息： 新生儿出生时发生窒息，会导致脑部缺氧，影响神经系统的正常发育，从而增加自闭症的发病风险。有研究表明，出生时发生过窒息的新生儿，患自闭症的可能性比正常出生的新生儿高4 - 5倍。