怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是生理反应，也可能是病理现象，如先兆流产、阑尾炎等，需根据具体情况采取观察、用药、手术等措施。
一、生理反应：
1.在孕期，子宫显著增大，会对盆腔组织造成压迫，神经受刺激会出现轻微疼痛。
2.进入孕中期后，子宫会有轻微收缩，活动或劳累时可感觉疼痛。这些都属于生理反应，通常经多休息可自然缓解。
二、先兆流产：
1.若疼痛较为严重甚至伴有阴道出血，可能是先兆流产。
2.应及时前往医院进行B超等相关检查，确定是这种情况后需用药保胎，如遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎丸等。
三、阑尾炎：
1.因阑尾发炎引发的腹痛，常表现为右下腹疼痛，有的还会发热。
2.病情较轻可用药保守治疗，如遵医嘱应用头孢克肟片、阿莫西林胶囊等。
3.病情严重时则需手术切除阑尾。
此外，还有部分可能是其他原因，比如肠梗阻，要进行胃肠减压以改善症状。总之，怀孕三个月时出现肚子隐隐作痛，要密切关注疼痛情况和是否伴有其他症状，以便及时采取恰当的应对措施。