卵巢囊肿多大要动手术并没有绝对统一的标准，一般来说，当卵巢囊肿直径超过5厘米时，通常建议手术治疗。但也不是绝对的，还需要结合囊肿的性质、生长速度等情况综合判断。
生理性囊肿的情况
较小生理性囊肿：有些生理性卵巢囊肿，比如卵泡囊肿、黄体囊肿等，直径多在5厘米以下，有可能会自行消失，一般不需要马上手术，可定期（通常间隔1-3个月）复查B超，观察囊肿变化。比如在月经周期的特定阶段出现的黄体囊肿，很多会在月经干净后缩小或消失。较大生理性囊肿：如果生理性囊肿直径持续超过5厘米，或者观察3-6个月仍不消失，也可能需要考虑手术。因为持续存在的生理性囊肿也有发生破裂、扭转等并发症的风险。
病理性囊肿的情况
良性病理性囊肿：对于良性的卵巢肿瘤等病理性囊肿，一般当囊肿直径达到5厘米左右时，就建议手术干预。例如卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，随着囊肿增大，可能会出现腹胀、腹痛等不适，还可能压迫周围组织，而且有恶变倾向，所以达到一定大小就需手术切除。像直径在5-10厘米的良性卵巢囊肿，多会建议手术治疗。恶性或可疑恶性囊肿：如果囊肿考虑为恶性或高度可疑恶性，不管大小，都需要尽快手术，通过手术获取病理明确诊断，并进行相应的肿瘤分期和后续治疗。
特殊情况的处理
囊肿生长迅速：如果卵巢囊肿在短期内（比如几个月内）迅速增大，即使直径还没到5厘米，也需要手术。因为生长过快可能提示囊肿性质不良。伴有症状的囊肿：有些卵巢囊肿虽然直径没到5厘米，但出现了明显的腹痛、月经紊乱等症状，影响到日常生活，也可能需要手术。比如卵巢子宫内膜异位囊肿，除了囊肿大小，症状严重程度也是决定是否手术的重要因素，若痛经剧烈、影响受孕等，即便囊肿直径不足5厘米，也可能需要手术治疗。