卵巢囊肿多大要手术并没有绝对统一的标准，一般来说，当卵巢囊肿直径大于5厘米，且持续存在时，通常建议手术治疗。但也需要结合囊肿的性质、患者的症状等多方面因素综合判断。
生理性囊肿的情况
黄体囊肿： 这是一种常见的生理性囊肿，多在月经后半期出现，一般直径多小于5厘米，可随月经周期自行消失，通常不需要手术，可定期复查超声，观察囊肿变化情况，一般观察2 - 3个月经周期后再复查超声，如果囊肿消失，就无需特殊处理。滤泡囊肿： 也是生理性囊肿，多数直径小于5厘米，同样有自行消退的可能，一般建议间隔1 - 2个月复查超声，若持续存在且直径超过5厘米，可能需要考虑手术。
病理性囊肿的情况
浆液性囊腺瘤： 如果是浆液性囊腺瘤，即使直径在5厘米左右，但如果考虑有恶变倾向或者持续存在不消退，也需要手术治疗。这类肿瘤有一定的发生恶变风险，所以一旦发现，综合评估后多建议手术切除。黏液性囊腺瘤： 黏液性囊腺瘤一般体积往往较大，当直径超过5厘米时，发生破裂、扭转等并发症的风险增加，所以通常建议手术治疗。而且黏液性囊腺瘤也有恶变可能，所以一般达到一定大小就需要手术干预。巧克力囊肿： 对于巧克力囊肿，也就是子宫内膜异位囊肿，如果囊肿直径大于5厘米，并且患者有明显的痛经、不孕等症状，也需要考虑手术治疗。因为巧克力囊肿会进行性加重病情，影响生育等功能。
特殊情况的处理
绝经后女性： 绝经后女性发现卵巢囊肿，由于此时体内激素水平变化，卵巢囊肿恶变的风险相对增加，所以即使囊肿直径小于5厘米，也建议积极手术，明确囊肿性质。有症状的囊肿： 即使卵巢囊肿直径小于5厘米，但如果患者出现腹痛、腹胀等明显不适症状，经评估考虑与囊肿相关，也可能需要手术治疗。比如囊肿扭转引起急腹症时，不管大小都需要紧急手术。