月经过后腰痛厉害可能由多种原因引起，其中一种情况是生理性的，部分女性在月经后1~2天内可能出现轻微腰痛，一般不影响正常生活。但如果腰痛较为严重，可能与以下因素有关：
妇科疾病方面
盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染性疾病，月经过后身体抵抗力相对较低，若有盆腔炎病史，炎症刺激可能导致腰痛加重。盆腔炎患者除了月经过后腰痛，还可能伴有下腹部疼痛、阴道分泌物增多等症状。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位。患者月经过后也可能出现腰痛，疼痛还可能放射至腰骶部、肛门等部位，且疼痛程度可能逐渐加重，部分患者还会伴有痛经、月经异常等表现。
腰椎及周围组织问题
腰肌劳损：长期从事重体力劳动、久坐久站等人群容易出现腰肌劳损。月经过后身体的生理变化可能会使腰肌劳损引起的腰痛显现或加重。腰肌劳损患者主要表现为腰部酸痛或胀痛，可反复发作，劳累时加重，休息后缓解。腰椎间盘突出症：腰椎间盘突出症患者月经过后也可能出现腰痛症状。突出的椎间盘压迫神经，除了腰痛，还可能伴有下肢放射性疼痛、麻木等症状。
泌尿系统问题
泌尿系统感染：女性尿道短而直，月经过后如果不注意个人卫生，容易发生泌尿系统感染。泌尿系统感染除了有尿频、尿急、尿痛等症状外，也可能出现腰痛，疼痛可表现为胀痛或酸痛。泌尿系统结石：如输尿管结石等，月经过后也可能引发腰痛。结石在泌尿系统移动时，会刺激输尿管，导致腰部剧烈疼痛，疼痛多为绞痛，还可能伴有血尿等症状。