新生儿咳嗽能否自愈取决于引发咳嗽的原因。若为喂奶呛咳、受凉感冒咳嗽、刺激性咳嗽等，通常可自愈；但若是重症疾病导致的咳嗽，自愈可能性较小。
一、可以自愈的情况：
1.喂奶呛咳：新生儿吞咽功能尚未完全发育好，喂奶时很容易因吞咽不及时而出现呛咳，此时家长及时给新生儿拍背，咳嗽症状便能缓解。
2.受凉感冒咳嗽：若新生儿不慎受凉出现轻微感冒，可能有轻微咳嗽、流涕表现。由于感冒有一定自愈性，只要症状不加重且无并发症产生，新生儿咳嗽有可能自愈。
3.刺激性咳嗽：若新生儿因闻到刺激性气味而咳嗽，在及时远离该刺激性环境后，咳嗽症状可缓解，但家长要避免再次带新生儿前往有刺激性味道的场所，以防咳嗽反复。
二、自愈可能性较小的情况：若新生儿咳嗽是由重症感冒、肺炎等重症疾病引起，那么自愈可能性就比较小。因为新生儿机体抵抗力较弱，病情变化可能较快，家长一定要尽快带新生儿去医院就诊，让医生针对不同病因给予相应治疗，比如炎症咳嗽可使用头孢呋辛钠、阿奇霉素等抗生素进行抗炎治疗；病毒感染引起的咳嗽，可使用磷酸奥司他韦、干扰素等药物进行抗病毒治疗。同时，家长要注重新生儿的日常护理，尽量不带新生儿去人多的地方，以免发生交叉感染而不利于恢复。
总之，对于新生儿咳嗽，要根据具体情况判断其是否能自愈，不可盲目等待自愈而延误病情治疗。