三个月宝宝肠胃不好可通过调节母亲饮食结构、按摩腹部、服用药物等来改善。
一、调节母亲饮食结构：对于母乳喂养的宝宝，改善母亲饮食结构能帮助改善宝宝胃肠功能。母亲需注意清淡饮食，不可食用辛辣刺激、高油高糖食物，同时要确保饮食结构均衡，不能存在偏食情况。这样能避免一些不良食物成分通过乳汁传递给宝宝，从而减少对宝宝肠胃的不良影响。
二、按摩腹部：家长既可以在家里轻柔地给宝宝按摩腹部，(1)比如以顺时针方向轻轻揉按宝宝的肚子；也可以带宝宝去医院小儿推拿科，在专业医生的推拿按摩下促进胃肠道蠕动，以此来改善胃肠功能。
三、服用药物：可在医生指导下，(1)口服健胃消食口服液来增强宝宝的胃肠功能；(2)服用益生菌来改善肠道菌群，进而改善宝宝肠胃不好的状况。
总之，当三个月宝宝肠胃不好时，可以从以上这些方面着手进行改善，以促进宝宝肠胃功能的恢复。