三个月宝宝脾胃不好，可通过以下方法进行调理：
1.饮食调整：
母乳喂养：对于母乳喂养的宝宝，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、生冷等刺激性食物。
人工喂养：选择适合宝宝月龄的配方奶粉，按照说明进行冲调，避免过稀或过稠。
添加辅食：如果宝宝已经开始添加辅食，应从单一到多样，逐渐增加辅食的种类和数量。同时，注意食物的软烂易消化，如米粉、蔬菜泥、水果泥等。
2.腹部按摩：
以宝宝的肚脐为中心，用手掌顺时针按摩宝宝的腹部，每次按摩5-10分钟，每天按摩2-3次。
按摩可以促进宝宝的胃肠道蠕动，帮助消化。
3.注意保暖：
宝宝的腹部要保持温暖，避免着凉。尤其是在换季或气温变化较大时，要及时给宝宝增减衣物。
4.合理喂养：
避免过度喂养，宝宝的胃容量较小，过度喂养可能会导致脾胃负担过重。
喂奶后要及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内的气体，避免腹胀。
5.药物治疗：
如果宝宝脾胃不好的症状较为严重，可在医生的指导下使用一些健脾消食的药物，如妈咪爱、双歧杆菌等。
6.适当运动：
让宝宝适当进行一些运动，如翻身、爬行等，可以促进宝宝的胃肠道蠕动，增强脾胃功能。
7.保持良好的生活习惯：
培养宝宝良好的作息时间，保证充足的睡眠。
避免让宝宝长时间哭闹，以免影响脾胃功能。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果宝宝脾胃不好的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在调理宝宝脾胃的过程中，要保持耐心，不要过于着急。