怀孕两个多月上厕所时出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个多月时，胎儿发育尚不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动、孕酮值低等因素，可能会诱发先兆流产，导致阴道有褐色分泌物。孕妇应及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，应注意卧床休息，在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。
2.宫颈息肉：怀孕后，体内激素水平升高，可能会导致宫颈息肉增长，引起阴道少量出血，表现为褐色分泌物。孕妇应及时就医，进行妇科检查，以明确诊断。如果是宫颈息肉引起，可在医生的指导下进行息肉摘除术。
3.其他：怀孕两个多月上厕所时出现褐色分泌物，还可能与胎盘位置低、阴道炎、宫颈炎等因素有关。
需要注意的是，褐色分泌物可能是异常情况的表现，也可能是正常的生理现象。如果孕妇出现褐色分泌物，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活。如果褐色分泌物持续不消失或伴有腹痛、阴道出血量增多等症状，应及时就医，以免延误病情。