怀孕两个月上厕所有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胚胎着床尚不稳定，如果孕妇进行了剧烈运动、提重物或存在其他会引起子宫收缩的因素，可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内被氧化后可呈现为褐色分泌物。此外，孕妇的孕激素水平不足也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行超声检查、血孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，医生一般会建议孕妇卧床休息，并使用孕激素类药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。其中，以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着胚胎的生长，可导致输卵管破裂，引起阴道出血。出血量少时，血液可在子宫内停留一段时间，被氧化后排出体外，表现为褐色分泌物。此外，异位妊娠还可能伴有腹痛、恶心、呕吐等症状。如果怀疑异位妊娠，需要及时就医，进行超声检查等，以明确诊断。一旦确诊为异位妊娠，应尽早进行治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质软而脆，血管丰富，触碰后容易出血。怀孕后，体内激素水平升高，可使息肉进一步增大，导致宫颈息肉出血，表现为褐色分泌物。此外，宫颈息肉还可能伴有白带增多、腰骶部疼痛等症状。如果出现宫颈息肉，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。较小的宫颈息肉一般无需特殊处理，定期复查即可；较大的宫颈息肉则需要进行手术摘除。
4.其他：除了上述原因外，怀孕两个月上厕所有褐色分泌物还可能与阴道炎、宫颈炎、胎盘前置状态等因素有关。
总之，怀孕两个月上厕所有褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁，遵医嘱按时产检。