怀孕两个月上厕所时有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能与胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等因素有关。孕妇可能会出现阵发性下腹痛或腰背痛，伴有或不伴有阴道流血。如果出血量增加，可能会发展为难免流产。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，也称宫外孕。宫外孕时，胚胎发育不良，常会导致阴道不规则流血，色黯红，量少，淋漓不尽。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄而得名。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多发生于停经后8-12周，出血量多少不定，若反复大量流血可导致贫血。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，多发生于已婚女性。息肉质地脆弱，在剧烈运动、性交或排便用力后，可能会导致息肉表面毛细血管破裂，从而引起阴道出血。
5.其他：除了上述情况外，阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致怀孕两个月时有褐色分泌物。
如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG和孕酮等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，按时产检。